Научно-исследовательская работа в АНО ВО «Поволжский православный институт имени Святителя Алексия, митрополита Московского» – важнейшее направление деятельности вуза. Вопросы организации и проведения НИР регулярно обсуждаются на заседаниях ученого совета института. С целью эффективного содействия научно-исследовательской деятельности кафедр и других подразделений института, координации методической работы и использования результатов научных исследований в образовательном процессе был сформирован Научно-методический совет, куда вошли ведущие преподаватели и научные сотрудники института.
В стенах Поволжского православного института регулярно проводятся научные мероприятия: форумы, конференции, круглые столы, семинары регионального, всероссийского и международного уровня. Среди крупнейших из них можно назвать: I Поволжский педагогический форум «Система непрерывного педагогического образования: инновационные идеи, модели и перспективы» (27–29 ноября 2017 года); круглый стол «Социальная ответственность журналиста в условиях медиатизации общества» (21 февраля 2018 года); круглый стол «Историко-культурный стандарт как база формирования единого культурно-исторического пространства Российской Федерации: проблемы и формы реализации» (30 ноября 2018 года); ежегодно проводимую региональную молодежную научно-практическую конференцию «Современные гуманитарные науки в аспекте духовно-нравственных традиций и педагогических новаций».
Выполнение НИР ведется по различным научным направлениям, которые сформировались на основе как научных интересов сотрудников института и их многолетних научных исследований и разработок, так и стратегических приоритетов института, который призван воссоздать качественно новый для Поволжского региона тип образовательной, воспитательной и культурной среды, основанной на традиционных духовно-нравственных ценностях. В ракурсе исследовательской парадигмы рассматриваются актуальные вопросы современного гуманитарного образования, формирования ценностно-культурологической педагогики, разработка и апробация теоретических моделей и практических методик духовно-нравственного образования и воспитания, а также теоретические вопросы истории и современного состояния широкого спектра гуманитарных наук.